El euskera bakall(a)u, bakalau, makal(l)au, makellau, bakillau, makil(l)au 'bacalao (Gadus morhua)' es una palabra errante (Wanderwort) que pasó a diversas lenguas: neerlandés bakkeljaw (s. XVI-XVII), portugués bacalhau, catalán bacallà, castellano bacalao, debido a ser los pescadores vascos quienes capturaron el pez en las aguas del Atlántico
Norte y lo trajeron a la Península.
Sin embargo, la primera aparición de la palabra en los textos corresponde al neerlandés medio kab(b)eljaw, latinizado como cabellauwus (s. XII), lo que implica que en euskera se produjo una metátesis, posiblemente debido a una etimología popular a partir de maki(l)la 'bastón'1, cfr. inglés stockfish 'pescado seco', a su vez préstamo del frisón occidental stokfisk, compuesto cuyo primer elemento es stok 'bastón' (inglés stick). La motivación semántica sería que el bacalao seco tiene una forma que recuerda a la de un bastón.
En mi opinión, el origen último de la palabra -atestiguada también en el francés cabillaud- sería el gascón cabilhàu 'clavija grande de madera'2 (Palay), derivado sin duda de cabilha 'clavija; colmillo', a partir de un protorromance *cavicla, forma disimilada del latín clavicula. Este es el origen de las formas vascas kabil(l)a (BN)
'galga, palo grueso y largo que, atravesado sobre el eje de alguna
rueda, le sirve de freno para las grandes pendientes', (V, G, AN, L, R)
'clavija', (L) 'articulación', (AN) 'tibia', gabilla (V) 'tirafondo; galga', khabeila (Z) 'perchas, clavos para colgar los objetos', khabela (Z), kabailla (BN) 'clavija', kahala (Z) 'clavijas puestas en la viga para colgar'3.
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1 Cuyo origen -contrariamente a la opinión de Mitxelena- no puede ser el latín bacillus 'bastoncillo', sino un diminutivo vascorromance -illa a partir del céltico *bakko- 'cayado' > euskera mako. R. Matasović (2009): Etymological Dictionary of Proto-Celtic, p. 52-53.
2 No hay que descartar una posible etimología popular a partir de cabilat, capi(l)lat 'cabezudo; renacuajo', que deriva de cap 'cabeza' y también designa un tipo de pez de agua dulce con cabeza grande (Cottus gobio).
3 M. Agud & A. Tovar (1993): Materiales para un diccionario etimológico de la lengua vasca XVII, p. 677.